Dê uma olhada na conversão da replicação FRS para DFS-R. Ao longo do caminho, você provavelmente descobrirá o que está acontecendo e por que as coisas estão demorando tanto, e se afastará da replicação do sysvol do FRS, agora obsoleta.
Este é o artigo da Microsoft descrevendo o processo: link
Em particular, você pode tomar nota das verificações de saúde no começo. Esse também pode ser um bom momento para repadmin e certifique-se de que o próprio AD está resolvendo todos os registros SRV corretamente e replicando como deveria.