Por que não apontar o Apache para sua pasta compartilhada na VM? Isso é tão simples quanto adicionar / alterar um arquivo para o seu virtualhost (eu acredito que você tenha feito isso de qualquer maneira). Isso permitirá que você não espere de 5 a 10 segundos enquanto a raiz do documento do servidor estiver sendo atualizada.
No entanto, o que você realmente pede é executar periodicamente algum comando, então, no final, você só precisa de um cron job. Esta resposta pode ser útil para você .
Então você acabou de adicionar ao seu arquivo crontab:
* * * * * unison -batch -owner -group /folder1/ /folder2/ >/dev/null 2>&1
* * * * * sleep 10; unison -batch -owner -group /folder1/ /folder2/ >/dev/null 2>&1
* * * * * sleep 20; unison -batch -owner -group /folder1/ /folder2/ >/dev/null 2>&1
* * * * * sleep 30; unison -batch -owner -group /folder1/ /folder2/ >/dev/null 2>&1
* * * * * sleep 40; unison -batch -owner -group /folder1/ /folder2/ >/dev/null 2>&1
* * * * * sleep 50; unison -batch -owner -group /folder1/ /folder2/ >/dev/null 2>&1
O >/dev/null 2>&1
significa redirecionar a saída stdout e stderr, ou seja, remover todo o log.