Eu não me incomodo em executar um wiki interno ou ao usar uma caixa do Linux. Eu provavelmente deveria usar o clamav na pasta de upload ...
Se eu estivesse executando uma instância pública disponível em uma caixa do Windows, eu a configuraria como qualquer outro servidor da web. Para a pasta de anexos, configure as digitalizações em gravação e uma varredura completa rara (semanal, mensal, etc) e faça uma varredura em cada gravação.