De fato, no momento você precisa ter todos os seus arquivos CFEngine disponíveis para verificá-los, já que você terá uma falha se, por exemplo, algum arquivo necessário não estiver presente ou se nenhuma combinação for definida, independentemente de o arquivo a sintaxe está correta.
Por isso, acho que você precisaria clonar o repositório no servidor. Depois que o repositório for clonado, você poderá atualizá-lo para reduzir o impacto no desempenho.