Parece que o sistema procura uma unidade USB 2.0 em algum lugar durante a seqüência de inicialização, mesmo que tenha começado com uma unidade USB 3.0.
Foi o que eu fiz:
Tenho uma unidade Western Digital MyPassport (USB 3.0) e um PC HP Elitebook 8540W com 2 portas USB 3.0 e 2 portas USB 2.0.
Quando eu inicializo de uma porta USB 2.0, tudo está bem.
Quando inicializo de uma porta USB 3.0, a inicialização é iniciada, mas pára em algum lugar no meio relatando um erro (nenhum sistema ativo foi encontrado ou algo assim - posso enviar o código específico, se desejado)
Então criei outro HD inicializável: o Lacie 300GB (USB 2.0 e instalei a mesma versão do ubuntu nele: Ubuntu 10.10 i386 (Meu PC é um processador de 64 bits, mas eu também uso discos USB inicializáveis em outros PCs)
Estranho:
Quando conecto AMBOS o Lacie a uma porta USB 2.0 E o Western Digital a uma porta USB 3.0 AO MESMO TEMPO e inicializo o PC, consigo inicializar a partir do USB 3.0 (via a seqüência de inicialização do BIOS do meu PC ) mas obtenho o desktop do sistema que está no drive Lacie USB 2.0.
Eu usei um plano de fundo de área de trabalho diferente para ter 100% de certeza de distinguir os dois sistemas. Além da área de trabalho, eles são idênticos.
Então, acho que em algum lugar durante a seqüência de inicialização, o sistema procura uma unidade que esteja conectada à porta USB 2.0 e não aquela conectada à porta USB 3.0, mesmo que tenha iniciado a partir do USB 3.0