Algo como isso deve funcionar:
$ virsh list --inactive | grep instance | cut -d " " -f 4 | xargs -n 1 virsh undefine
Se você quiser revisar essa lista antes de matá-los:
$ virsh list --inactive | grep instance | cut -d " " -f 4 > inactive_domains
$ vi inactive_domains
Então, se tudo parece bom:
$ cat inactive_domains | xargs -n 1 virsh undefine