A configuração está sendo revertida de alguma forma, ou não revertida, mas simplesmente alterada a esse respeito, por algum motivo. A navegação no diretório não apenas se liga ou desliga; alguém ou algo tem que estar tomando ação.
Edições para system32 \ inetsrv \ config \ applicationhost.config ou um arquivo web.config no diretório de conteúdo (ou em um nível acima dele) são a fonte mais provável de uma alteração de configuração.
Quaisquer alterações no arquivo apphost.config serão copiadas para o \ Inetpub \ History, portanto, elas podem ser revisadas em ordem inversa.
A auditoria de arquivos pode ser sua melhor aposta para descobrir o que está acontecendo.
Por acaso, se a compatibilidade com a Metabase do IIS 6 estiver instalada, um script ou reinstalador mais antigo pode estar fazendo isso.