Eu tive um problema semelhante, criei um novo arquivo sources.list que continha apenas as fontes que eu queria que o Apticron trabalhasse com
E então eu mudei o código do Apticron para usar o arquivo que eu criei.
sudo grep "-security" /etc/apt/sources.list | sudo grep -v "#" > /etc/apt/security.sources.list
O comando acima criará uma nova lista de fontes especificamente para segurança.
Dentro do código / usr / sbin / apticron, fiz as seguintes alterações.
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Atualize as listas de pacotes
/usr/bin/apt-get -qq update -o Dir::Etc::SourceList=/etc/apt/security.sources.list || true
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Obtenha a lista de pacotes que estão com um upgrade pendente
PKGNAMES='/usr/bin/apt-get -o Dir::Etc::SourceList=/etc/apt/security.sources.list -q -y --ignore-hold --allow-unauthenticated -s dist-upgrade | \ /bin/grep ^Inst | /usr/bin/cut -d\ -f2 | /usr/bin/sort'
Funcionou para mim. Este link contém tutorial como criar e usar um source.list diferente para o apt-get.