Definitivamente não há apenas uma resposta para sua pergunta, e sua ideia de ter alunos e professores em sub-redes diferentes não é ruim, mas é um pouco complicado para uma rede tão pequena, na minha opinião ...
Você pode criar uma sub-rede, cortar o roteador extra e usar o software de roteamento no servidor, do qual poderá controlar facilmente quem tem acesso a quais sites, etc., por meio da autenticação do Active Directory. É claro que ter o Ubuntu no meio de tudo isso seria como tentar usar um martelo como chave de fenda; Se você estivesse usando o Windows Server, você poderia usar o ISA, que agora é conhecido como Threat Management Gateway (TMG).
Ou, esqueça completamente o Windows, se quiser. Squid para Linux: link Ch32 : _ Controlling_Web_Access_with_Squid