Você deve ser capaz de configurar o login do ssh com as teclas como você declarou.
Verifique se o seu sshd_config permite logins root
PermitRootLogin without-password
Copie a chave pública gerada para /root/.ssh/authorized_keys.
Você deve poder fazer o login agora, apenas diga ao uníssono para usar a chave ssh que você gerou.