Você pode precisar adicionar um cabeçalho de tipo de conteúdo à sua saída CGI.
Tem certeza de que nada mais aparece por perto nos seus registros de erros do Apache? (Você está ganhando ou olhando para eles sem filtros?) Quando tentei recriar seu problema, vejo linhas como esta:
[Sun Dec 11 07:27:47 2011] [error] [client 192.0.2.1] unable to include "cgi-bin/echo.cgi" in parsed file /var/data/www/www.example.org/ssi-test.shtml
... mas eles são acompanhados por:
[Sun Dec 11 07:31:39 2011] [error] [client 192.0.2.1] malformed header from script. Bad header=/var/data/www/www.example.org: echo.cgi
Eu suspeito que, se você adicionar:
echo "Content-type: text/html"
echo ""
... até o topo do seu script, antes que qualquer outro resultado apareça, seu problema irá embora ... ou pelo menos essa parte dele será. : -)