Parece que você atrapalhou algumas propriedades de arquivos durante a execução de aplicativos GUI como root usando sudo . O comando a seguir deve corrigir isso e devolver a propriedade de todos os arquivos em seu diretório pessoal:
sudo chown -R $USER: ~
Espero que isso corrija isso.
Para o futuro:
Nunca execute programas de GUI como root usando sudo - sempre use gksudo ou pelo menos sudo -H para evitar que esses problemas voltem.
Você deve executar programas como root o mais raramente possível de qualquer maneira.