Como Mlfe disse, o java é instalado pelo usuário e executado de forma não confinada, já que as políticas não os conhecem.
A criação de regras é um processo bastante, sugiro que você leia o guia do RHEL em link para informações gerais.
Existe o comando "selinux-polgengui" (fedora / rhel / centos no pacote policycoreutils-gui) que pode criar políticas adicionais para sua aplicação. Ele funciona passo a passo, o que pode cobrir seus requisitos, mas eu acho que não será fácil para java e glassfish por causa de todos os arquivos envolvidos.
Outra linha de defesa para seu aplicativo pode ser uma política java gerenciada pelo gerenciador de segurança do java vm. Consulte o link como ponto de partida.