gconftool-2 --set -t boolean /apps/gnome-screensaver/idle_activation_enabled false
Esta é uma configuração por usuário, então você pode adicionar isso às configurações padrão como esta:
gconftool-2 --direct --config-source xml:readwrite:/etc/gconf/gconf.xml.defaults --set -t boolean /apps/gnome-screensaver/idle_activation_enabled false
Isso parece funcionar para mim.