Primeiro, você deve usar mod_wsgi se puder ou FastCGI como uma opção de fallback.
Suas configurações do Apache parecem corretas, então é provavelmente o seu settings.py. É muito provável que seja um problema de permissões. Existe uma razão particular pela qual você está executando o / root? Normalmente, o apache não é executado como root e não poderá ler nenhum arquivo em / root. Tente mover o projeto para outro local.
Se isso não ajudar, veja algumas outras etapas de depuração para tentar.
O servidor de desenvolvimento funciona corretamente?
cd /root/django_projects/twilight_boutique
python manage.py runserver
Se isso falhar, você tem um erro de sintaxe no seu arquivo de configurações.
Você também pode tentar usar o shell python para tentar depurar isso. Execute o python de qualquer diretório e execute o seguinte código:
import sys
sys.path.insert(0, '/root/django_projects')
import twilight_boutique.settings