Eu tive uma exigência semelhante em um projeto há vários anos. A solução aceita foi colocar os CDs na zona de nível inferior em uma espécie de DMZ. Em seguida, restringimos as portas usadas pela replicação do diretório ativo , configuramos uma diretiva IPSEC para essas portas e e outras portas ao falar com alguns endereços IP predefinidos de DCs no domínio de nível superior. Os clientes no domínio inferior tinham que passar por um firewall transparente para conversar com os DCs na DMZ.
Pensando fora da caixa por um momento - você poderia ter um servidor VPN no domínio inferior ao qual somente os DCs de domínio mais alto poderiam se conectar? Ou seja os DCs de maior nível seriam clientes VPN. Você pode usar um transporte não criptografado para atender aos seus requisitos de IDS / IPS. Uma vez que os DCs de nível mais alto se conectam, então os two coms podem ser estabelecidos e o AD pode funcionar normalmente. Ou isso é encapsular o problema ?! :)