Sim, você está morto; A melhor prática é apontar cada CD para si mesmo (127.0.0.1) como primário e o outro DC como secundário.
Na mesma linha, convém ter certeza de que as zonas estão sendo replicadas usando as novas partições de diretório (bem, antigas, mas mais recentes que 2000); Verifique se o método de replicação está definido como "Todos os servidores DNS no domínio / floresta", não no modo 2000-compat de "Todos os DCs".