Soa quase definitivamente como um problema periférico que influencia o que está acontecendo e bastante típico de executar o Magento em um ambiente restrito e contido como um VPS.
Se sua configuração já estava funcionando bem e você não alterou nenhum código ou instalou nenhuma extensão - então isso será uma influência externa, provavelmente um aumento no tráfego - mas com um VPS, é mais do que provável que eu tenha aumentado / O atividade.
Soa exatamente como espera de E / S - simplesmente instalar uma ferramenta gráfica como Munin provaria conclusivamente isso (mostrando uma correlação em consultas lentas do MySQL com atividade de E / S / espera).
Vou me referir a alguns outros posts no mesmo vão - como rodar o Magento em um VPS sempre produz um comportamento similar.