Já faz alguns anos que toquei a APC, mas pelo que me lembro da minha leitura há sempre algum nível de fragmentação (bem, sempre tivemos alguma fragmentação), mesmo com o TTL ajustado para 0. Se você não está vendo qualquer problema de desempenho com o seu sistema e a fragmentação está em torno de 5 a 7%, então eu não acho que seja um problema.
Concedido mais do que feliz em ser abatido em chamas sobre isso, como afirmei que tem sido alguns anos desde que eu usei APC.