A saída% ~ tX usa o formato curto, conforme definido nas configurações regionais. Infelizmente, o formato curto nunca pode incluir segundos (pelo menos no Win7, não tenho certeza sobre outras versões do Windows).
Até onde eu sei, não há como fazer o que você quer usando apenas comandos cmd-script. Você precisará de um utilitário extra que extraia as informações completas de data / hora do sistema de arquivos.