Parece carga pesada de E / S ... os drivers / ferramentas do VMware estão instalados e atualizados? Como é a carga no servidor físico subjacente? Você por acaso ativou a compactação ou criptografia NTFS?
O alto uso da CPU pelo processo de 'sistema' normalmente significa que o servidor está ocupado fazendo coisas relacionadas ao hardware que realmente não devem levar muito tempo da CPU.