Para instalar um MSI ou qualquer outra coisa dessa natureza remotamente, algo precisa ser executado na caixa remota. Se você está falando de um serviço hospedado no IIS, o MsDeploy (agora Web Publish) pode funcionar. Se for algo fora desse escopo, usar psexec de sysinternals pode funcionar. Se for parte de um processo de construção, o Team Deploy coloca camadas no topo do psexec. Se você tiver o System Center ou uma infraestrutura de gerenciamento de sistema semelhante, poderá enviá-lo por esse canal.
Em resumo, você não deu detalhes suficientes sobre quantas coisas deseja instalar, em quantas caixas e com que frequência, para que as pessoas possam lhe dar uma resposta mais precisa do que isso.
EDIT: Executar msiexec na caixa de destino, provavelmente via PowerShell Remoting faria o truque