O padrão ^(.*)$ captura o componente de caminho completo do URL que sempre começa com / , portanto, você provavelmente deve remover o último / de seu RewriteRule . É assim que deve ser:
RewriteEngine On
RewriteRule ^(.*)$ /subdomains/sub1/httpdocs$1
Ou faça o padrão corresponder a tudo, exceto ao primeiro / :
RewriteEngine On
RewriteRule ^/(.*)$ /subdomains/sub1/httpdocs/$1