O Passenger provavelmente está configurado para publicar os dois aplicativos na porta 80 (não vejo uma configuração personalizada para substituir isso em qualquer lugar).
Ainda assim, eu usaria vhosts com domínios, ou seja:
NameVirtualHost <IP>:80
<VirtualHost <IP>:80>
ServerName www.x.com
ServerAlias x.com
<DocumentRoot //etc, left out for simplicity...
</VirtualHost>
<VirtualHost <IP>:80>
ServerName www.dev-x.com
ServerAlias dev-x.com
<DocumentRoot //etc, left out for simplicity...
</VirtualHost>
Preencher o restante deve permitir que o apache aponte para você no servidor certo.
Espero que ajude, deixe-me saber se isso não está claro
ATUALIZAÇÃO:
A propósito, como você está no Ubuntu, você pode apenas adicionar cada uma dessas configurações vhost aos sites disponíveis e usar o a2ensite para ativá-los / off = > temos 2 servidores que estamos usando assim, e o primeiro tem cerca de 15 sites diferentes, o segundo tem cerca de 10.