É estranho que ele esteja alterando a permissão em arquivos que já existem, a menos que o Windows esteja recriando os arquivos por algum motivo. Você poderia tentar adicionar o seguinte ao seu smb.conf sob o compartilhamento relevante para forçar as permissões em qualquer coisa que o Windows cria -
create mask = 0644
diretório mask = 0755
De acordo com os documentos do Samba, o padrão é 0744, que corresponde ao que está sendo definido nos arquivos que você modificou do Windows.