Diferente do tempo que você precisa para garantir que seu ambiente PHP cli seja sadio em várias máquinas, não há desvantagem.
Eu fiz principalmente coisas da web e alguns de nossos crons diários foram envolvidos. Tem sido legal criar o ~ / server / cron / whatever1.mylanguage, que pode então fazer um backup de todo o código do site que já escrevemos para conexões de banco de dados, registro, etc, ao invés de escrever todo esse código novamente. Ou, na maioria das vezes, não está escrevendo nenhum código e complicando a solução de problemas quando tudo dá errado.
Além disso, se fizer parte do código do seu site, ele será mantido melhor e estará no controle de origem, o qual muitos crons nunca farão.