O sistema operacional mantém seu próprio relógio, que é independente do hardware RTC que é apoiado pela bateria - esses dois relógios são sincronizados ocasionalmente (ou, em algumas circunstâncias, não são sincronizados em tudo ), mas a sincronização geralmente ocorre na direção do valor do clock do software sendo gravado no hardware RTC (como considera-se que o relógio do software mantém um tempo mais preciso), a única exceção é a inicialização do sistema, onde o relógio do software precisa ser preenchido com a hora atual do RTC.
Se o seu Windows Server tivesse o tempo definido durante as reinicializações, provavelmente era um problema com o RTC não conseguir manter o tempo exato. Se você já viu este problema enquanto o sistema operacional estava rodando, você provavelmente teria alguma sincronização de tempo no local que atrapalhava seu tempo - verifique os logs de eventos para ver se ele pode ter sido o Serviço de Tempo do Windows.