Não sei por que você nunca notou isso antes, mas a ID do evento Kernel-General 1 ocorre sempre que o Windows altera a hora do sistema, independentemente de ser uma máquina virtual ou não. O Windows altera a hora do sistema sempre que detecta que o horário autoritativo, seja um servidor NTP ou um host Hyper-V com o Serviço de Integração de Sincronização de Hora, difere do relógio do sistema nesse servidor.
Se o seu relógio mudar em 3 ou 4 segundos regularmente, isso significa que o relógio não é muito bom e, portanto, precisa ser corrigido com frequência. Esse é definitivamente um problema comum em máquinas virtuais, mas também pode acontecer em máquinas físicas com relógios CMOS ruins ou com falhas.
O serviço de sincronização de horário do Hyper-V tem prioridade sobre as configurações tradicionais do Serviço de Horário do Windows NTP. Mesmo que o comando w32tm /query /peers mostre que você está configurado para sincronizar a partir de um controlador de domínio, procure nos logs por Time-Service events e verá que o SO guest acaba sendo sincronizado com o VM IC Time Sync Provider, mesmo após receber dados NTP válidos da rede. Eu também tive problemas com Contadores perfmon do Windows quando um convidado é configurado para sincronizar o tempo com um host VMware.
Na verdade, prefiro o serviço NTP tradicional quando tenho um serviço de hardware NTP confiável para sincronizar (ou mesmo ntp.org se as políticas de negócios permitem a sincronização com fontes da Internet.) Então, se eu tivesse que escolher um sobre o outro, desabilitar o serviço de integração em vez de desabilitar o serviço de tempo do Windows no sistema operacional convidado.