Temos exatamente o mesmo problema e é um "recurso" de troca que pode levar até 30 minutos para o Exchange "perceber" que um controlador de domínio ficou offline.
Se houver uma interrupção planejada, você poderá usar outro com antecedência clicando com o botão direito do mouse no nó "Configuração da Organização" no Console de Gerenciamento do Exchange e selecionando "Modificar Controlador de Domínio de Configuração" para especificar um DC específico.
Você precisará fazer isso 30 minutos antes do tempo de inatividade do controlador de domínio para permitir que a configuração entre em vigor. Uma vez que o DC está de volta, configure-o de volta para o "Domínio padrão de uso"