Esta é realmente uma questão de escolha pessoal, mas em geral eu prefiro usar ~/.mbox para material no formato mbox, e ~/.mail/ ou ~/.maildir/ para maildirs - a razão é que ele mantém a correspondência do usuário com o restante dos arquivos do usuário, e torna o backup muito mais fácil (se eu pegar o local onde os diretórios home vivem eu recebo tudo de uma vez).
O Courier IMAP parece usar os locais abaixo de ~/ por padrão na última vez que verifiquei.
Lembre-se de que o local afeta a configuração procmail , por isso, se você alterá-lo, certifique-se de que os .procmailrc arquivos e amp de seus usuários ; a configuração do sistema procmail é atualizada de acordo.