Eu uso configurações de eAccelerator quase idênticas e nunca tive nenhum problema semelhante (não tenho nenhuma configuração de "chaves"). Tanto quanto eu sei, mexendo com as configurações só vai mudar o quão efetivo, ou não, o cache é. Uma configuração "eAccelerator" incorreta só deve resultar em scripts sendo executados lentamente ... não em erros de script.
Não entendo o que você quer dizer com "36,4 MB de espaço para chaves de cache". De sua pergunta eAccelerator está usando 49,73 MB total com 27,6MB em scripts e 22,1MB em chaves (27,6 + 22,1 = 49,7) deixando 14,3MB livres.
Com suas configurações atuais quando o limite de 64MB alocado é atingido, o eAccelerator simplesmente não armazenará mais nada em cache. Não deve ser nenhum problema causado por isso, além de alguns scripts não serem executados tão rápido como seriam. Se você quiser que as entradas antigas do cache sejam excluídas, você pode jogar com as várias configurações mencionadas. Eu costumo aumentar a quantidade de memória para o eAccelerator, de modo que ele mantenha todos os scripts na memória.
Se os seus scripts estiverem mostrando "páginas brancas", eu verificaria os logs de erro. Se você não receber nenhuma mensagem de erro, eu verificaria se os logs de erro estão habilitados e funcionando. Eu tentaria desabilitar o eAccelerator e ver se você pode duplicar os erros de script. Se isso parece acontecer apenas com o eAccelerator, eu o desinstala e instalo do zero.
Outra possibilidade remota é a falta de memória ou disco que está corrompendo as versões em cache.