O Upstart realmente usa arquivos de configuração em /etc/init para cada serviço, não /etc/init.d . Eu suponho que os links /etc/init.d estão lá para preservar a compatibilidade com o sysvinit. Aqui está o guia de iniciação inicial que explica isto.
Eu não tenho um sistema Ubuntu, portanto não posso verificar o conteúdo de /etc/init/anacron.conf , mas suspeito que, com o gooling, ele pode ser apenas exec anacron -s . Verifique em /etc/init.removed/ e veja se existe um anacron.conf lá que foi removido por algum processo de atualização. Você pode ser capaz de reinstalar o anacron para corrigir isso também.