Isso é muito estranho. Não tenho certeza do que pode consertar, mas há algumas coisas que eu recomendaria fazer, independentemente dos problemas que você esteja tendo.
64bit OS
O Mysql tem uma quantidade razoável de matemática interna de 64 bits. Tudo sendo igual, ele sempre corre mais rápido dentro de um sistema operacional de 64 bits. Além disso, se você estiver indo para o problema de dar ao seu servidor 8GB, um Mysql de 32 bits ainda será capaz de endereçar 3GB disso. Você ainda pode ganhar algum desempenho, dando ao SO mais espaço para armazenar arquivos em cache, etc., mas o Mysql em si não vai beneficiar muito.
Não use pacotes de banco de dados do sistema operacional
Especialmente se você estiver usando um disto Mysql constrói pacotes para. O mais atrasado de Mysql é 5.0.92. Embora não tenha conhecimento de nenhuma correção, é recomendável manter-se atualizado. O Mysql se move bastante rápido e tem havido grandes diferenças em velocidade e desempenho ao longo da vida útil dos principais lançamentos.
Se eu estivesse no seu lugar, eu criaria uma nova VM de 8 GB e instalaria o Mysql 5.0.92. Não se esqueça de instalar as bibliotecas compatíveis ou o CentOS achará que você não possui nenhuma biblioteca do Mysql instalada. Eu despejo do servidor original e importo. Configure a replicação do antigo para o novo e, em seguida, teste. Uma vez parece boa transição.