Não deve haver qualquer problema em fazê-lo desta maneira, mas se você o instalou como um pacote RPM, esteja ciente de que, se por algum motivo o yum decidir tentar atualizar este pacote, ele sobrescreverá sua instalação atual. .
Para tentar verificar se você pode tentar o seguinte
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Veja se o phpmyadmin pertence a qualquer pacote rpm atual
rpm -qf /usr/share/phpmyadmin/anyfilethere -
Se ele pertencer a um pacote RPM, remova o pacote sem remover o conteúdo
rpm -e --justdb [packagename]
Isso fará com que você não tenha nenhum tipo de acidente no futuro