Abra o dconf-editor (talvez você precise instalar isso primeiro). Abra a chave chamada org.gnome.settings-daemon.plugins.housekeeping (ou procure por "Espaço em disco").
Marque a caixa "ativa", se ainda não estiver ativa; ou, se relevante, remover o caminho ou a partição do parâmetro ignore-paths .
Outra maneira (não-GUI) de ativar os avisos é inserir o comando equivalente
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.housekeeping active true