As regras de .htaccess inferiores irão sobrescrever os arquivos .htaccess dos diretórios pai. O Apache sobe na árvore de diretórios a partir do root e constrói a árvore de configuração a partir do .htaccess encontrado em cada diretório, e depois muda para a configuração anterior à configuração anterior.
/var/www/.htaccess
/var/www/html/images/.htaccess substitui
/var/www/html/images/subdir/.htaccess substitui
Eu não acho que arquivos .htaccess possam restringir arquivos .htaccess menores, mas você pode pensar em desabilitar arquivos .htaccess (AllowOverride None) e fazer sua configuração no nível do servidor, ou criar um arquivo .htaccess fictício na parte inferior diretório e restringir sua modificação com permissões de arquivo.