Supondo que esteja instalado em / usr / share / phpmyadmin, você pode colocar o .htaccess apropriado em / usr / share / phpmysadmin.
Dito isso, a autenticação HTTP não é exatamente infalível, se é isso que você está querendo usar .htaccess, então, em vez disso, recomendo restringir por IP.
Se, no entanto, sua intenção for usar http-auth, você pode configurar o config.inc.php do phpmyadmin e definir o auth_type
to http
Pessoalmente, eu recomendaria a autenticação baseada em cookies, combinada com um .htaccess um pouco restritivo para impedir a entrada de pessoas que você não deseja ver.