Para que o linode envie-lhe um e-mail informando que seu limite de IO foi excedido por mais de duas horas, eu pensaria que algo está causando IO pesado em disco. Você está com pouca memória ou algo do tipo no processo? Frequentemente, em sistemas VPS, como o Linode, ver o IO de disco alto deve-se à pouca memória e à troca em curso. OOMkiller pode estar sendo invocado, o que mata o mysql. O dmesg mostra alguma menção ao oomkiller?