Você está usando exatamente a mesma diretiva include
em todas as páginas de subpasta? Em caso afirmativo, o problema parece claro: você não está vinculando corretamente ao arquivo de inclusão (a menos que tenha o mesmo arquivo em todos os diretórios do site, o que prejudicaria o objetivo)
Além disso, eu gostaria de saber; Qual é o erro que você está recebendo no servidor? Por que você acha que o SSI não está 'habilitado' - especialmente considerando que ele está trabalhando em um arquivo, pelo menos.