Os clientes precisam de dicas na solicitação do DHCP para executar o trabalho do DNS dinâmico; eles não usam as configurações de DNS em geral. O que provavelmente está acontecendo é que os sites remotos estão usando o servidor DHCP local (talvez em execução nos roteadores) que não fornecem essas dicas. Configure o roteador para DHCP de proxy de volta ao DC do Windows ou configure o servidor DHCP local para informar aos clientes que façam DNS dinâmico. Algumas instruções para o servidor DHCP Linux mais comum estão aqui: link
Você também pode configurar um controlador de domínio para um subdomínio no site remoto, mas suponho que não queira fazer isso.