O utilitário icacls.exe tem uma opção /verify que verifica problemas com suas ACLs. As duas coisas que verifica são que a ACL está em "forma canônica" e que o comprimento da ACL é consistente com a contagem de ACE. Estou assumindo que a verificação "forma canônica" traria seu problema.
Ele não será reparado automaticamente, até onde eu saiba, mas você poderá fazer alguns scripts para salvar os nomes de arquivos corrompidos em um arquivo e, em seguida, executar novamente os icacls contra eles para reparar.
icacls vem com o 2003SP2 +, a propósito.