No Manual do Administrador (doc / AdministratorManual / index.html):
The location of the system config files can be changed by setting the ODBCSYSINI environment variable at run-time.
Então, isso deve funcionar:
ODBCSYSINI=$HOME isql ...
Ou adicione a linha
export ODBCSYSINI=$HOME
para o seu .bash_profile
Observe que o arquivo odbc.ini também será procurado em seu diretório pessoal.