O que é long_query_time definido como? log-long-format ou log-queries-não-usando-índices ativos?
A explicação mais provável é uma configuração incorreta do registro em log.
- log-queries-not-using-indexes e log-long-format ambos fazem com que as consultas que não usam Indexes sejam registradas. Às vezes, não usar um índice é mais rápido, e isso pode causar muito spam de log.
Observe também que você pode bloquear o IO em algum lugar. long_query_time é verificado em relação ao tempo WALL e não ao tempo da CPU.