parece que você encontrou um bug (menor) no openvpn. Você deve ter a cadeia CA completa (pública) no servidor empilhando as certificações CA e subCA juntas. Quando um cliente se conecta, o processo de verificação passa por toda a cadeia e tenta encontrar uma CRL correspondente. Como não há CRL para a CA intermediária, esta mensagem é impressa, o que é falso.
O que você deve ver também é
CRL CHECK FAILED: [DN] is REVOKED
Contanto que você veja que o certificado emitido pela CA intermediária foi revogado corretamente.
HTH
JJK