Você pode desativar a opção "Redirecionar log de stdout habilitado" para evitar a maioria do log do WebLogic no sysout. Apenas baixo nível (java / system errors) deve ir para a saída do sistema. Sugiro não usar stdout (java System.out.println e métodos relacionados) para registrar mensagens de aplicativos do servidor porque o gerenciamento dos logs resultantes é difícil e depende do sistema. Em vez disso, use estruturas de criação de log ad-hoc como log4j, java.util.logging, o Apache como commons logging, ...