Configurá-los para o tamanho 1 não é uma ótima solução, mas configurá-los para o tamanho zero funciona!
Você tem que fazer isso via gsettings, porém, a GUI não permitirá tamanho zero. Use o seguinte comando:
gsettings set org.gnome.totem subtitle-font '[whatever your font is here], 0'
Tanto quanto eu posso dizer, esta é a única maneira.
edit: você pode desativá-los para o vídeo atual no menu, mas toda vez que você iniciar um novo vídeo, eles retornam. Tanto quanto eu posso dizer, esta é a única maneira de não definir legendas como padrão.