O IIS 6.0 pode ser executado no modo de 32 bits ou no modo de 64 bits, mas não nos dois modos ao mesmo tempo. Se você quiser que ele seja executado no modo de 32 bits, ele executará tudo dessa forma.
Isso também significa que você precisará configurar o ASP.NET para ser executado usando a versão de 32 bits do .NET Framework, pois assim que você alternar o IIS para o modo de 32 bits, ele não poderá carregar o 64-bit. DLLs de bits normalmente usadas em sistemas de 64 bits.
Mais informações aqui: link .