Pelo Makefile, 'make bootstrap' recompilará todos os arquivos Emacs Lisp usando a fonte atual, então reconstruirá o Emacs, ao invés de usar os arquivos .elc compilados anteriormente que vêm com o tarball de origem.
Não é possível responder à parte "é benéfico" da pergunta, mas parece algo que não vai doer (exceto a quantia extra de tempo que leva na compilação).