Tente
service iptables stop
Eu uso o CentOS normalmente, então pode ser um pouco diferente para o Ubuntu. Esse problema, quando o tive, está relacionado à resolução de DNS (mencionada acima) ou a firewalls configurados incorretamente. O Iptables é um firewall instalado por padrão em muitas distros.
Se sua distro tiver o SELinux que também pode ser o culpado, você pode usar
setenforce 0
para testar se o SELinux é o culpado, então você precisa ativar um setseboolean
setsebool -P httpd_connect_db on
Eu acredito que o truque seja esse o caso. -P ativa-o permanentemente.
O mais provável é que, como este não é um tempo limite, é o motivo DNS listado acima.
Você precisa adicionar a configuração user46528 mencionada em /etc/my.cnf.
Se o seu my.cnf estiver em um local diferente, use
find / -name my.cnf
e não esqueça de reiniciar o mysqld
service mysqld restart