Esta pode não ser a solução mais direta, mas você pode tentar isso. O Linux não obedece a permissões NTFS, apenas carrega a unidade inteira e permite que você acesse o que quiser. Você pode inicializar um Live CD do linux e usá-lo para copiar os arquivos.
Outra abordagem seria usar o editor de permissões da linha de comando para alterar todas as permissões. O programa é icacls
e há documentação para ele no TechNet .
icacls "E:\path\to\folder\" /grant %USERNAME%:F /t
... dará permissões completas ao usuário que está executando o comando para todas as pastas e arquivos nesse diretório e todos os subdiretórios. Eu testei com uma árvore de diretórios que eu tinha removido todas as permissões de leitura, e funcionou em todos os arquivos nele. Se você não tem propriedade dos arquivos, você pode querer executar
icacls "E:\path\to\folder\" /setowner %USERNAME% /t
para tornar-se o proprietário dos arquivos e, em seguida, execute o comando de concessão acima, uma vez que você tenha a propriedade. Você pode precisar executar esses comandos em um prompt de comando elevado.